茨城県高等学校文化連盟 自然科学部は，茨城県内の高等学校，および，中等教育学校後期課程の科学に関する部活動の支援を行う公益法人です。

1998年は日本中が，しし座流星群に魅了された年でした。 茨城県内の高校の天文関連の部活動でも，しし座流星群の観測の計画がなされていました。そこで，顧問の先生たちで話し合い，茨城県北部の里美牧場の宿泊施設に集まり合同合宿を開きました。
これを機に2002年，茨城県高等学校文化連盟に新たに「天文・科学部」が設立されました。

以降，各高校の活動内容は天体観測のみならず，有孔虫の調査，夜空の明るさ観測等多様化が進み，また全国で使用されている名称に合わせ，2011年より当部会の名称を自然科学部に変更をし，現在に至っています。